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Tumore prostata

Alterazioni genomiche di DNA plasmatico libero da cellule nel cancro polmonare a piccole cellule e rilevanza clinica


Sono state identificate le variazioni genomiche nel DNA libero dalle cellule ( cfDNA ) ed è stata valutata la loro utilità clinica nel cancro polmonare a piccole cellule ( SCLC ).

È stato eseguito il sequenziamento dell'intero genoma utilizzando cfDNA plasmatico derivato ​​da 24 pazienti con tumore SCLC per l'analisi della variazione del numero di copie ( CNV ) e per il sequenziamento mirato utilizzando 17 coppie di cfDNA plasmatico e il DNA genomico ( gDNA )abbinato per l'analisi delle mutazioni.

Le mutazioni somatiche sono state definite confrontando cfDNA con gDNA abbinato con il 5% di alleli varianti come cutoff per la mutazione.
Sono state correlate le alterazioni genomiche con la sopravvivenza globale ( OS ) e la sopravvivenza libera da progressione ( PFS ).

Sono state osservate estese alterazioni e mutazioni del numero di copie somatiche, tra cui l'amplificazione di MYC in 8q24, FGF10 in 5p13, SOX2 in 3q26 e FGFR1 in 8p12, così come la delezione di TP53 in 17p13, RASSF1 in 3p21.3, RB1 in 13q14.2, FHIT in 3p14 e PTEN in 10q23.

Le mutazioni più frequenti sono state geni coinvolti nella regolazione della cromatina ( KMT2D, ARID1A, SETBP1 e PBRM1 ), via PI3K/MTOR ( MTOR, PIK13G ), via di segnalazione Notch1 ( NOTCH1 ) e gene ATRX correlato alla riparazione del DNA.

L'analisi di Kaplan-Meier ha rivelato ridotta sopravvivenza globale e sopravvivenza libera da progressione nei pazienti con mutazioni somatiche nel gene SETBP1 ( P=0.0061 / 0.0264, HR=4.785 / 3.841 ) e PBRM1 ( P=0.0276 / 0.0286, HR=3.532 / 3.506 ).

Una ridotta sopravvivenza globale è stata anche associata a mutazioni somatiche in ATRX ( P=0.0099, HR=4.024 ), EP300 ( P=0.025 / 0.0622, HR=3.382 / 2.891 ), mentre una ridotta sopravvivenza senza progressione è stata associata a mutazione ATM ( P=0.0038, HR=4.604 ).

L'indice di mutazione prodotto sommando il numero di mutazioni nei cinque geni è risultato significativamente associato a ridotta sopravvivenza globale / sopravvivenza libera da progressione ( P=0.0185 / 0.0294 ) dopo aver aggiustato l'effetto dello stadio.

In conclusione, i risultati hanno indicato il plasma come promettente fonte di campioni per l'analisi genomica nei pazienti con tumore al polmone a piccole cellule i cui tessuti tumorali sono scarsamente disponibili, e ha dimostrato la potenziale utilità della biopsia liquida basata su cfDNA per la gestione clinica di questa malattia ad esito fatale. ( Xagena )

Du M et al, Lung Cancer 2018; 120: 113-121

Xagena_OncoPneumologia_2018



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